Hasta el curso escolar 2007-2008 la educación sexual podía incluirse dentro de los conocidos como temas transversales de educación en valores, concretamente en el denominado «educación para la salud». Sin embargo, al tratarse de temas transversales no obligatorios, los centros educativos y los profesores tenían un amplio margen de decisión sobre los temas que debían abordarse en educación para la salud. Así, por ejemplo, la mayor parte de los centros educativos han optado por enseñar a los niños y adolescentes hábitos de higiene, criterios de alimentación, costumbres sanas, etcétera. Las administraciones educativas y sanitarias han editado numerosos materiales didácticos sobre educación para la salud y a menudo han introducido (en el horario escolar) talleres de salud sexual sin informar a los padres ni de la realización ni de los contenidos. En algunos casos, estos materiales han incluido contenidos de educación sexual que claramente vulneraban la intimidad del alumno y los derechos fundamentales de los padres recogidos en el artículo 27 de la Constitución Española.

A partir de septiembre de 2007 el Área de Educación para la Ciudadanía (EpC) y los Derechos Humanos (que incluye una asignatura del mismo nombre para un curso de Primaria y otro de Secundaria, además de Educación ético-cívica de 4º de ESO y Filosofía y Ciudadanía de 1º de Bachillerato) introdujo la educación afectivo-sexual camuflada en objetivos, contenidos y criterios de evaluación que hacían referencia a «la educación afectivo-emocional, las relaciones interpersonales, la homofobia, la orientación sexual, los sentimientos y emociones, la ternura, la crítica de normas y valores morales aprendidos…».

Los libros de texto y los recursos didácticos del Área de Educación para la Ciudadanía resultan muy desiguales, aunque no faltan los que recomiendan páginas de contactos homosexuales y recomiendan practicarlo todo en cuanto a relaciones sexuales. Resulta llamativo que la web del Ministerio de Educación, a través del Instituto de Recursos Educativos, recomiende a los alumnos materiales multimedia como Axial, un mundo de valores (que incorpora como recurso didáctico el vídeo del Día del Orgullo Gay, entre otras aportaciones) y Sexpresan (que incluye la dirección de las clínicas donde se pueden practicar abortos, además de explicar prácticas sexuales como el sexo oral y el coito anal).

Cabe recordar igualmente que diversos promotores y defensores de las asignaturas de Educación para la Ciudadanía han relacionado estas materias escolares con contenidos de educación sexual, a pesar de que este contenido no se encuentra en el currículo oficial de manera explícita. Así, en una comparecencia parlamentaria, la diputada socialista Carmen Montón explicó que EpC contenía capítulos enteros hablando de sexualidad y sexo seguro. José Blanco, por su parte, adelantó que estas asignaturas enseñarían a los alumnos a utilizar correctamente el preservativo. Pedro Zerolo recordó que EpC era una gran oportunidad para gays y lesbianas. Mercedes Cabrera, por su parte, indicó que en la formación de los futuros ciudadanos debía incluirse información sobre derechos como el aborto.